柞蚕核型多角体病毒(AnpeNPV)三地理株的全基因组比较分析揭示其遗传多样性

• 作者: Charles R.VOSSBRINCK 何强 刘绍伦 周泽扬 张有义 许金山 马振刚
• 来源期刊: 昆虫学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 柞蚕 杆状病毒 基因组 单核苷酸多态性 遗传多样性 进化
• 年，卷（期）: 2015,（5）
• 所属期刊栏目: 病理
• 页码范围: 535-545
• 分类号: Q965.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.16380/j.kcxb.2015.05.008

摘要

[目的]柞蚕核型多角体病毒(Antheraea pernyi nucleopolyhedroviruses,AnpeNPV)能引起柞蚕脓病大面积暴发.尽管之前已完成了两株核型多角体病毒的基因组测序,但基于比较基因组的方法调查AnpeNPV间的遗传变异研究则相对较少.[方法]为了研究AnpeNPV不同地理株系间的遗传多样性,我们测序了1株从中国河南省分离的柞蚕NPV(AnpeNPV-H)基因组,并和之前从辽宁省分离的2株柞蚕NPV(AnpeNPV-L和AnpeNPV-Z)进行了比较基因组学分析.[结果]AnpeNPV-H的全基因组大小为125 605 bp,总共预测了146个开放阅读框(ORF),包括95个功能注释蛋白和51个假定蛋白.我们发现这3株AnpeNPV间的基因组成非常相似.在这3个AnpeNPV株系间,有6个开放阅读框存在碱基变异而导致基因的变短.并鉴定超过200个单核苷酸多态性(single nucleotide variations,SNVs),其中85％位于蛋白编码区.同时,odv-e56,p94-like和egt3个基因的非同义突变较高,表明这3个蛋白质编码基因可能经历了正向选择或纯化选择.我们发现在这3株AnpeNPV间一些基因的氨基酸发生变异,例如编码膜蛋白的基因、抑制凋亡和蜕皮的基因及与DNA复制相关的DNA聚合酶和解旋酶等基因.最后,展示了3株AnpeNPV间遗传重组的证据.[结论]本研究揭示了AnpeNPV种内水平的变异和株系内基因组的动态结构.