棉属四倍体AD1与二倍体A2、D5基因组的同源SSR分析

• 作者: 何守朴 孙高飞 杜雄明 潘兆娥
• 来源期刊: 遗传
• 关键词: SSR 棉花基因组 同源SSR 进化
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 192-203
• 页数: 12页
• 字数: 8114字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16288/j.yczz.14-274

摘要

SSRs(Simple sequence repeats)是一类广泛存在于动植物基因组的DNA短串联重复序列，是重要的基因组分子标记。比较不同基因组同源SSR的差异，有利于了解相近物种间的进化过程。文章使用雷蒙德氏棉基因组(D5)、亚洲棉基因组(A2)全基因组序列和陆地棉(AD1)的限制性酶切基因组测序数据，进行全基因组SSR扫描，比较了A组和D组的SSR分布情况，通过识别3个基因组之间的同源SSR，比较它们之间同源SSR重复序列的差异。结果发现，A组和D组同源SSR的分布规律非常相似，但A组与AD组的同源SSR保守性比D组与AD组同源SSR的保守性强。与AD组同源SSR相比，A组中重复序列长度增长的SSR数量约为长度缩短的SSR数量的5倍，在D组中这一比值约为3倍。可以推测，四倍体AD组在与A组、D组的平行进化过程中，由于基因组融合，导致SSR的重复序列长度变化速率与二倍体A、D组有差异，同时这种差异可能导致了 AD组 SSR重复序列长度在进化过程中与二倍体相比有变短的趋势。文章首次对3个棉花基因组的同源SSR进行了系统地比较，发现了同源SSR在棉属四倍体基因组和二倍体基因组中的显著差异，为进一步揭示棉属基因组的进化规律提供了基础。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杜雄明	中国农业科学院棉花研究所棉花生物学国家重点实验室	57	1053	18.0	31.0
2	孙高飞	中国农业科学院棉花研究所棉花生物学国家重点实验室	7	6	1.0	2.0
4	潘兆娥	中国农业科学院棉花研究所棉花生物学国家重点实验室	13	136	6.0	11.0
7	何守朴	中国农业科学院棉花研究所棉花生物学国家重点实验室	4	6	2.0	2.0