濒危植物厚朴SSR引物筛选及反应体系优化

• 作者: 刘起胜 廖海军 杨志玲 杨旭 陈慧 麦静
• 来源期刊: 生态与农村环境学报
• 学科: 农学
• 关键词: 厚朴(Magnolia officinalis) 简单重复序列(SSR) 引物筛选 正交设计
• 年，卷（期）: 2015,（4）
• 所属期刊栏目: 研究方法
• 页码范围: 600-607
• 页数: 8页
• 分类号: X176|S718.46
• 字数: 6099字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11934/j.issn.1673-4831.2015.04.025

摘要

探索适宜厚朴(Magnolia officinalis)简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)-聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)的最佳条件.在SSR引物筛选基础上,利用正交试验设计对影响PCR反应的5个因素(模板DNA、引物、Mg2+、dNTPs和Taq酶催化活性浓度)进行4个水平的优化,并通过温度梯度试验优化引物退火温度.在厚朴及其近缘物种的70对引物中,筛选出13对扩增条带清晰、多态性丰富的SSR引物.PCR各因素在不同水平下对反应体系的影响由大到小依次为引物浓度、Taq酶催化活性浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度和模板DNA浓度.PCR最佳优化体系:25 μL体系中,模板DNA质量浓度为2 ng·μL-1,引物浓度为0.6μmol·L-1,Mg2+浓度为2.0 mmol·L-1,dNTPs浓度为0.5 mmol·L-1,Taq酶催化活性浓度为0.03 U·μL-1(1U=16.67 nkat).最佳扩增程序:94℃预变性4 min,94℃变性30 s,48.0～59.0℃(退火温度随引物不同而定)退火30 s,72℃延伸1 min,35个循环后72℃延伸10 min.上述结果可为利用SSR-PCR技术研究濒危厚朴群体遗传学和分子生态学提供技术参数.