规律成簇的间隔短回文重复序列中间隔序列的噬菌体来源研究

• 作者: 侯雪新 李振军 杜鹏程
• 来源期刊: 疾病监测
• 学科: 生物学
• 关键词: 规律成簇的间隔短回文重复序列 间隔序列 噬菌体 原核生物
• 年，卷（期）: 2015,（5）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 358-360
• 分类号: Q933
• 语种: 中文
• DOI: 10.3784/j.issn.1003-9961.2015.05.005

摘要

目的 发现在现有的全基因组测序完成的原核生物中规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPR)系统中间隔序列分布规律以及间隔序列中噬菌体来源情况.方法 整理现有CRISPR数据库中2762株细菌基因组中的CRISPR系统和其中的间隔序列数据,整理GenBank数据库中发表的1444个噬菌体基因组数据.利用BLASTN软件对间隔序列数据与噬菌体基因组进行相似性比较,计数资料比较使用x2检验.结果 在2762个细菌基因组中整理出1940个基因组存在确定或可能的CRISPR结构和90 096条间隔序列,多数基因组具有1～ 50条间隔序列(1414/1940,72.9％),间隔序列数量＞250条的仅有58个基因组(58/1940,3.0％).其中古细菌13株(13/150,8.6％),真细菌45株(45/2612,1.7％),差异有统计学意义(x2=29.98,P＜0.01).相似性比较结果共发现245个细菌基因组的1055条间隔序列,成功比对上363个噬菌体,比对成功率仅为0.12％.结论 细菌基因组中的CRISPR系统中间隔序列数量存在较大差异,古细菌基因组中CRISPR系统存在更多的间隔序列.相似性比较中噬菌体来源的间隔序列所占比例低,提示与细菌和噬菌体基因组发现较少相关,进一步深入研究可以大幅度提高成功率.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李振军	中国疾病预防控制中心传染病预防控制所	20	128	6.0	11.0
2	杜鹏程	中国疾病预防控制中心传染病预防控制所	13	39	4.0	5.0
3	侯雪新	中国疾病预防控制中心传染病预防控制所	6	43	4.0	6.0