‘红阳’猕猴桃全基因组NBS-LRR类基因家族的生物信息学分析

• 作者: 刘永立 文欢
• 来源期刊: 果树学报
• 学科: 农学
• 关键词: 猕猴桃 生物信息学 基因家族 NBS-LRR
• 年，卷（期）: 2015,（3）
• 所属期刊栏目: 种质资源·遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 413-419
• 页数: 7页
• 分类号: S663.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.13925/j.cnki.gsxb.20140408

摘要

[目的]分析‘红阳’猕猴桃(Kiwifruit)中含有核苷酸结合位点(Nucleotide binding site,NBS)类基因.[方法]利用Kiwifruit Genome Database、Pfam和Coils Server网站,和Bioedit、MEGA 5.0、ClustalW软件,分析确定‘红阳’猕猴桃的NBS-LRR基因类型、结构和系统发育学关系.[结果]在‘红阳’猕猴桃全基因组中共有96个NBS-LRR类基因,其中27条NBS-LRR类基因分布在基因簇内,可根据其结构进一步划分为20类基因.并对NBS-LRR类基因家族进行了氨基酸多序列比对和系统进化树分析,发现整个NBS-LRR基因家族可分为三个亚家族.[结论]相对其他物种,‘红阳’猕猴桃NBS-LRR类基因总数少,缺少TIR结构,具有LRR结构的基因所占比重低,NBS结构不完整,这些特点可能与其感病性有关联.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘永立		27	301	9.0	17.0
2	文欢		6	39	2.0	6.0