绿脓杆菌外膜蛋白OprF的生物信息学分析

• 作者: 刘祥
• 来源期刊: 生物技术
• 学科: 生物学
• 关键词: 绿脓杆菌 OprF蛋白 细胞表位 蛋白结构 预测
• 年，卷（期）: 2015,（4）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 343-348
• 页数: 6页
• 分类号: Q816
• 语种: 中文
• DOI: 10.16519/j.cnki.1004-311x.2015.04.0070

摘要

[目的]利用生物信息学方法预测绿脓杆菌外膜蛋白OprF的理化性质、高级结构和细胞表位.[方法]采用在线软件预测OprF蛋白的理化性质;Signal P 4.1软件预测OprF信号肽序列;利用TMHMM软件预测ACFA蛋白跨膜结构;SOPMA服务器预测蛋白的二级结构;Swiss-Model程序预测OprF三维结构;综合ABCpred与BepiPred方案预测OprF的B细胞表位;运用神经网络法预测OprF的CTL表位;使用MHC-Ⅱ类分子结合肽程序预测OprF的Th细胞表位.[结果] OprF为亲水性蛋白;1～24位氨基酸为信号肽序列;存在多个酶切位点;无跨膜结构并定位于细胞膜外;二级结构中含无规则卷曲34.36％、α-螺旋31.90％、β-转角11.66％、β-片层22.09％;并可能存在3个B细胞表位、2个CTL表位、4个Th细胞表位.[结论]系统分析了OprF蛋白的理化性质、信号肽、跨膜结构、二级与三级结构,以及B、T细胞抗原表位.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘祥		22	92	6.0	8.0