贵州地方山羊品种H-FABP基因第3外显子SNP研究

• 作者: 刘彬 孙岩岩 罗卫星 蔡惠芬 钱成 黄兰
• 来源期刊: 生物技术
• 学科: 农学
• 关键词: H-FABP基因 SNPs 生物信息学 贵州地方山羊品种 错义突变,同义突变
• 年，卷（期）: 2015,（4）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 349-354
• 页数: 6页
• 分类号: S827
• 语种: 中文
• DOI: 10.16519/j.cnki.1004-311x.2015.04.0071

摘要

[目的]研究3种贵州地方山羊品种H-FABP基因第3外显子的多态性以及进行该基因多态性生物信息学分析,以期筛选出适合的突变位点,研究其与山羊生长性状关联性影响.[方法]以3种贵州地方山羊品种为试验材料构建DNA池,结合直接测序技术筛选H-FABP基因SNPs,并利用在线软件分析H-FABP基因RNA二级结构及其蛋白二、三级结构.[结果]仅在黔北麻羊和贵州白山羊H-FABP基因第3外显子处分别筛选到T120A和G152C两个SNPs,其中exon3-T120A为导致编码氨基酸发生的Phe→Ile改变的错义突变,而exon3-G152C为苏氨酸(Thr)的同义突变.[结论] exon3-T120A位点影响黔北麻羊H-FABP基因RNA二级结构,最小自由能由-189.40 kcal/mol变为-190.00 kcal/mol,其蛋白二级结构无规则卷曲由49变为48,延伸链由36变为37,exon3-G152C位点仅影响贵州白山羊RNA二级结构,最小自由能变为-185.40 kcal/mol.