蒺藜苜蓿叶绿体密码子偏好性分析

• 作者: 孙娟 宋智斌 杨国锋 苏昆龙 赵怡然
• 来源期刊: 草业学报
• 关键词: 蒺藜苜蓿 叶绿体 密码子偏好性 最优密码子
• 年，卷（期）: 2015,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 171-179
• 页数: 9页
• 字数: 5208字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11686/cyxb2015016

摘要

本文对蒺藜苜蓿叶绿体基因组全序列密码子进行分析，筛选出50条 CDS（coding DNA sequence）利用 Codo-nW 软件进行分析其密码子使用模式。结果显示，蒺藜苜蓿叶绿体基因组密码子第3位碱基 GC 含量为26．9％，即第3位密码子富含 A 和 U，ENC 值在37．11～51．91之间密码子偏好性较弱。相对同义密码子使用度分析显示RSCU 值大于1的密码子有23个，其中以 A 和 U 为结尾20个。中性绘图分析显示 GC12与 GC3的相关系数为0．341，相关性不显著，回归系数为0．4843；单基因 ENC 比值多分布在－0．05～0．05，即大部分基因 ENC 值离 ENC期望值较近；对应性分析，第一轴显示了12．50％的差异为主要影响因素，第一轴与 ENC 和 GC3的相关系数分别为0．091和－0．092，均相关不显著。综合这几项分析发现蒺藜苜蓿叶绿体基因组密码子偏好性主要受到突变的影响，但是并不是唯一的影响因素，其他因素对密码子偏好性也可能有一定的影响。最终通过高表达优越密码子方法确定得出 UUA、UUG、CCU 等23个密码子为最优密码子，为之后对外源基因进行改造，提高其在叶绿体中的表达效率奠定了基础。