基于高通量测序的二长棘鲷微卫星标记开发与评价

• 作者: 刘永 徐姗楠 李纯厚 杨兵 林琳 肖雅元 陈作志
• 来源期刊: 南方水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 二长棘鲷 微卫星 高通量测序
• 年，卷（期）: 2015,（4）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 116-120
• 页数: 5页
• 分类号: S968.3
• 字数: 3254字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-0780.2015.04.017

摘要

采用高通量测序法对二长棘鲷(Parargyrops edita)基因组进行高通量随机测序,从测序结果中搜索微卫星位点,根据搜索结果设计聚合酶链式反应(PCR)引物,并根据PCR产物质量对引物进行筛选,使用一个二长棘鲷野生群体对通过筛选的微卫星标记的种群遗传学特征进行评价.结果共获得二长棘鲷基因组拼接序列0.12Gbp,从中搜索得到侧翼长度≥250 bp的微卫星序列292条.根据微卫星序列搜索结果设计PCR引物40对,共有15对引物通过了筛选.标记种群遗传学评价的结果显示,表观等位基因数(A)分布范围为2～16,平均为6.93;表观杂合度(Ho)分布范围为0.268 ～0.979,平均为0.568;期望杂合度(HE)分布范围为0.300 ～0.914,平均为0.640.经Bonferroni校正后,除3个标记外,其余标记等位基因频率均符合“哈迪-温伯格”(Hardy-Weinberg)平衡预期.连锁不平衡检测表明各位点间无连锁不平衡现象.