高通量测序检测金针菇RNAi转化子插入位点及拷贝数

• 作者: 丑天胜 卢园萍 施乐乐 王威 谢宝贵 邓优锦
• 来源期刊: 菌物学报
• 关键词: 基因组重测序 农杆菌介导转化 金针菇 高通量测序
• 年，卷（期）: 2015,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 694-702
• 语种: 中文
• DOI: 10.13346/j.mycosystema.150089

摘要

本研究对金针菇Flammulina velutipes的一个RNAi转化子菌株1382R3进行了高通量测序,以本实验室先前获得的野生型W23基因组数据为参考,分析了该转化子的基因插入位点以及拷贝数.转化子菌株1382R3是通过农杆菌介导将fv-hmg1-RNAi载体转化至金针菇菌株并通过PCR检测筛选标记而得到.通过BLAST将转化子测序的reads对外源载体和基因组定位,找到具有基因组序列(GS)和外源载体序列(ES)两种序列的临界reads,并据此使用PERL语言程序成功在转化子1382R3菌株中找到两个插入位点.对两个插入位置的序列分析表明:在插入位点1,T-DNA片段部分插入;在插入位点2,T-DNA全部插入到基因组.两个插入位点都对基因组内源基因的表达造成了一定的干扰.此方法拓宽了高通量测序技术的应用范围,将其运用到遗传转化插入位置和拷贝数的研究中,有利于食用菌的功能基因组及基因工程研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢宝贵	福建农林大学生命科学学院菌物研究中心	186	1536	20.0	28.0
2	王威	福建农林大学生命科学学院菌物研究中心	51	204	8.0	11.0
3	邓优锦	福建农林大学生命科学学院菌物研究中心	44	315	12.0	16.0
4	卢园萍	福建农林大学生命科学学院菌物研究中心	4	11	2.0	3.0
5	丑天胜	福建农林大学生命科学学院菌物研究中心	6	20	3.0	4.0
6	施乐乐	福建农林大学生命科学学院菌物研究中心	2	2	1.0	1.0