一种新的柯萨奇病毒A组16型中国湖北分离株(CV-A16 WH16)全基因组序列测定及分析

• 作者: 何小华 刘万红 刘希佳
• 来源期刊: 中国病毒病杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 柯萨奇病毒A16 全基因组cDNA克隆 序列分析 进化树
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 96-103
• 页数: 8页
• 分类号: R373.2+3
• 语种: 中文

摘要

目的 对分离自2010年中国湖北手足口患者的柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)病毒WH16株进行全基因组克隆、序列测定及进化分析.方法 利用RT-PCR扩增覆盖基因组全长的cDNA片段,利用Over-lap PCR进行分步连接,得到CV-A16 WH16的全基因组cDNA克隆.对cDNA克隆进行测序,并利用BioEdit 4.8.8、EditSeq 5.01和MEGA 6.06软件进行序列分析和进化树构建.结果 CV-A16 WH16基因组(未包含多聚腺苷酸尾)长度为7 406 nt;WH16与CV-A16 TS10/07、CV-A16原型株G-10以及EV71原型株BrCr的核苷酸一致性分别为97.7％、79.1％和79.5％,而氨基酸一致性分别为98.9％、94.7％和88.7％.全基因组进化树分析表明,CV-A16 WH16与CV-A16 TS10/07亲缘关系最近,与G-10株存在显著差异;开放阅读框核苷酸序列进化树分析表明,CV-A16 WH16与EV71BrCr的亲缘关系较近.结论 进化树分析表明,与G-10相比,CV-A16 WH16部分区域的核苷酸序列和BrCr的亲缘关系更近.