Isolation and characterization of a crude oil degrading bacteria from formation water:comparative genomic analysis of environmental Ochrobactrum intermedium isolate versus clinical strains

• 来源期刊: 浙江大学学报（英文版）（B辑：生物医学和生物技术）
• 学科: 地球科学
• 关键词: Ochrobactrum intermedium 石油降解 比较基因组 病原菌
• 年，卷（期）: 2015,（10）
• 页码范围: 865-874
• 页数: 10页
• 分类号: X172
• 语种: 英文
• DOI: 10.1631/jzus.B1500029

摘要

题目：一株分离自地层水的石油降解菌的特性研究：Ochrobactrum intermedium环境分离菌株与临床分离菌株的比较基因组分析<br>　　目的：对一株地层水分离的石油降解菌 Ochrobactrum intermedium 2745-2进行生理生化特性的研究、全基因组测序以及比较基因组研究。<br>　　创新点：首次对一株分离自地层水的石油降解菌 O. inter-medium 2745-2进行了生理生化特性研究以及基因组测序，从基因组角度解释菌株2745-2对石油的降解能力。通过菌株2745-2与同种其他临床分离菌株的比较基因组学分析，表明2745-2仍具有多种与致病性相关的基因。<br>　　方法：通过微生物富集培养的方法从油井的地层水中分离石油降解微生物，通过聚合酶链反应（PCR）扩增16S核糖体RNA（rRNA）序列进行比较和分析确定菌株的分类地位属于 O. intermedium （图1）。采用Illumina HiSeq2000对菌株2745-2进行高通量测序，采用 Velvet 1.2.07和 RAST server分别进行数据组装和注释（表1）。PHAST寻找基因组中的噬菌体相关序列（图4和表2）。通过BLAST+和BRIG对环境分离菌株（2745-2）和临床分离菌株（M86、229E和LMG3301T）进行基因组比较（表3、表4和图5）。<br>　　结论：首次对一株环境分离的O. intermedium（2745-2）进行全基因组测序，揭示具有多种与石油降解相关的基因。通过环境分离菌株（2745-2）与临床分离菌株（M86,229E和LMG3301T）的基因组比较分析，表明2745-2仍具有多种致病性相关的基因。