基于结构比对模板库的蛋白质模型评估

• 作者: 刘冠军 周莉 方慧生 李娟 颜思奇
• 来源期刊: 药物生物技术
• 学科: 生物学
• 关键词: 同源模建 结构预测 模型评估 TM-score RMSD PSSM
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 105-111
• 页数: 7页
• 分类号: Q51|Q81
• 语种: 中文

摘要

蛋白质天然构象预测是计算生物学领域最具有挑战性的课题之一.基于模板的预测方法是目前最为准确的方法,该方法的预测模型的好坏很大程度上在于其模板质量的好坏.从SCOP数据库中筛选了3 867个蛋白质,通过结构比对和统计分析,建立了一个基于结构比对的模板库;接着,利用动态归一化法和Profile-profile的原理,分别编写的搜索和比对程序;最后利用MODELLER的建模程序给出了蛋白质的三级结构模型.测试集由48个蛋白组成,首先,用Profile-profile搜索基于结构比对模板库获得同源模板,以此模板模建出蛋白质三级结构模型,同时用MODELLER中的搜索程序搜索仅有序列构成的序列库,最后同样获得蛋白质的三级模型.从测试结果的正确率看,该方法较MODELLER有了14.59％的提高;通过模型评估,可以看出该方法预测出的模型质量整体上也优于原有的MODELLER方法.因此,认为用profile-profile搜索基于结构比对模板库的方法要优于MODELLER中的搜索的方法.