地黄EST-SSR标记的开发及扩增体系的建立

• 作者: 何华勤 冯法节 古力 张宝 张重义 李明杰 杨艳会 陈新建
• 来源期刊: 广东农业科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 地黄 EST-SSR 扩增体系 品种选育
• 年，卷（期）: 2015,（10）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 120-126
• 页数: 7页
• 分类号: Q789
• 字数: 5272字
• 语种: 中文

摘要

在转录组基础上批量开发地黄特异EST-SSR标记序列,同时通过优化DNA模板浓度、引物浓度、dNTP浓度、Taq酶浓度,结合正交优化试验建立地黄EST-SSR的PCR最佳扩增体系,为进一步鉴定和开发地黄多态性SSR提供重要的基础资料.结果表明:在地黄87 665条转录本序列中,共筛选了1 812条不小于18 bp的SSR序列,其中二核苷酸数量最多,共有721个(70.8％),其次为三核苷酸和六核苷酸,分别有486、578个.而在所有SSR类型中AG/CT(457个)为最多的重复类型,其次为AC/GT(256个).EST-SSR体系优化结果表明:最佳反应体系为15 μL体系中含80 ng模板DNA、0.1 μmol/L引物、150 μmol/L dNTPs和1.5 UTaq DNA聚合酶,在退火温度55℃进行30个循环.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈新建	河南农业大学生命科学学院	62	793	16.0	25.0
2	杨艳会	河南工业大学中药材研究所	5	8	1.0	2.0