大豆HB基因GmSbh1的分离与生物信息学分析

• 作者: 王爽 舒英杰 陈明 陶源 麻浩 黄丽燕
• 来源期刊: 大豆科学
• 学科: 农学
• 关键词: 大豆 同源异型盒基因 基因分离 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 212-216,223
• 分类号: S565.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.11861/j.issn.1000-9841.2015.02.0212

摘要

从大豆叶片中分离到GmSbh1基因cDNA的完整开放阅读框(ORF)序列,对其编码的氨基酸序列、蛋白质一级、二级结构及互作蛋白等进行了生物信息学分析.结果表明:在GmSbh1基因cDNA序列的第156～1 293 bp处有一个完整的ORF,编码379个氨基酸;GmSbh1具有同源异型盒(homeoboxbox,HB)基因家族典型的KNOX1、KNOX2、ELK和Homeodomain (HD)结构域;检索到18条与GmSbh1核酸序列一致性大于80％的序列;GmSBH1为亲水性蛋白,不具有信号肽,分子量为42.37 kDa,其中丝氨酸(Ser)、天冬氨酸(Asn)和亮氨酸(Leu)分别为占10％、9.8％和8.4％,可能发生磷酸化的位点分别在Ser(13个)、酪氨酸(Tyr)(2个)和苏氨酸(Thr)(1个)上;二级结构预测结果显示,GmSBH1序列存在α-螺旋(占39.31％)、β-转角(占5.28％)、延伸链(占8.44％)和无规则卷曲(占46.97％),不存在跨膜螺旋;蛋白互作预测表明,GmSBH1与拟南芥中的RPL、BEL1、AT4G32980.1-P、BLH2和BLH3等蛋白的互作程度较高,其中与BEL1共表达的几率较高.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈明	南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室	18	375	5.0	18.0
2	王爽	南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室	7	82	4.0	7.0
3	黄丽燕	南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室	5	43	3.0	5.0
4	陶源	南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室	4	39	3.0	4.0