贝叶斯一致性分析法在全基因组系统发生树分析上的应用

• 作者: 周宇荀 徐福意 戚礼兴 李凯 章祎胤 肖君华
• 来源期刊: 动物学杂志
• 学科: 生物学
• 关键词: 贝叶斯一致性分析法 系统发生树 小鼠基因组
• 年，卷（期）: 2015,（3）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 470-476
• 分类号: Q811.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.13859/j.cjz.201503019

摘要

构建系统发生树时,其拓扑结构会在不同的基因组区域产生不一致性.对此问题,贝叶斯一致性分析法(BCA)可在全基因组规模上进行系统发生树分析,并进而对不一致性信息进行量化统计.采用此方法对由C3H/Hu小鼠(Mus musculus)和129Sv小鼠回交多代产生的129S1小鼠进行系统发生树分析,输入相应的一组序列文件,用若干生物信息学软件(如VCFtools,RepeatMasker,PAUP*4.0,MrModelTest,MrBayes等)对其进行屏蔽重复序列、序列比对等处理,辅以Perl语言脚本,最终得到全基因组范围不同区段系统发生树不一致信息.在小鼠10号染色体的所有99个基因座中,支持129S1和129Sv品系小鼠为姐妹关系的拓扑结构占了84.7％(后验概率最高),这证明了C3H/Hu小鼠对129S1小鼠基因组的贡献程度较小.结果表明,贝叶斯一致性分析法有助于基因组不同区段进化历史的研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	肖君华	东华大学化学化工与生物工程学院	58	137	7.0	9.0
2	李凯	东华大学化学化工与生物工程学院	58	122	6.0	9.0
3	周宇荀	东华大学化学化工与生物工程学院	53	102	6.0	9.0
4	徐福意	东华大学化学化工与生物工程学院	8	6	1.0	2.0
5	章祎胤	东华大学化学化工与生物工程学院	1	0	0.0	0.0
6	戚礼兴	东华大学化学化工与生物工程学院	1	0	0.0	0.0