三疣梭子蟹生长相关SNP位点的鉴定

• 作者: 冯艳艳 刘萍 吕建建 张德宁 李健 高保全
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 三疣梭子蟹 生长性状 转录组 SNP 关联分析
• 年，卷（期）: 2015,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 393-401
• 页数: 9页
• 分类号: S917
• 字数: 4421字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1118.2015.14361

摘要

为了发掘三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)与生长相关的SNP,本研究基于三疣梭子蟹比较转录组学数据,筛选出生长相关候选基因片段19条,利用该基因序列设计引物进行PCR扩增,得到总长为17 387 bp的DNA片段;通过直接测序法发现74个SNP位点,分布频率为0.43/100 bp,其中转换突变的比例为80％,颠换突变的比例为20％,转换的比例远远大于颠换,符合“transition bias”原理.C/T(G/A)突变所占比例为60％,G/T(C/A)突变占20％,A/T突变占9.33％,G/C突变占10.67％,C/T(G/A)突变所占比例最大.内含子上突变发生的频率为1.34/100 bp,外显子上仅为0.17/100 bp,说明外显子上的碱基更加保守.通过飞行质谱法,在三疣梭子蟹生长性状分离群体中成功分型了10个SNP位点;通过卡方检验和多元方差分析的方法进行性状关联分析,发现3个SNP位点与生长性状显著相关(P＜0.05),并且comp58070-R31位点与生长性状极显著相关(P＜0.01);一般线性模型的多元方差分析显示,comp58070-R31位点与体重、全甲宽、甲宽3个性状极显著相关(P＜0.01),与体长、体高2个性状为显著相关(P＜0.05);comp46623-F49位点与甲宽显著相关(P=0.05); comp49193-R333位点与甲宽显著相关(P＜0.05).通过对SNP位点的多态性分析发现,三疣梭子蟹SNP标记观测杂合度(Ho)范围为0.162 8～0.833 3,期望杂合度(He)范围为0.189 6～0.591 2,并且显示SNP标记的信息量低于微卫星标记.该研究的结果将有助于推进三疣梭子蟹分子标记辅助育种进程.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘萍	中国水产科学研究院黄海水产研究所	124	3043	33.0	48.0
2	李健	中国水产科学研究院黄海水产研究所	215	3950	34.0	49.0
3	高保全	中国水产科学研究院黄海水产研究所	41	687	16.0	24.0
4	张德宁	中国水产科学研究院黄海水产研究所	3	20	2.0	3.0
8	吕建建	中国水产科学研究院黄海水产研究所	6	38	3.0	6.0
9	冯艳艳	中国水产科学研究院黄海水产研究所	3	20	2.0	3.0