乳腺癌lncRNAs表达谱的检测

• 作者: 宋志旺 张霞 朱蕾蕾 董春燕 高勇
• 来源期刊: 同济大学学报（医学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 乳腺肿瘤 lncRNAs 芯片分析
• 年，卷（期）: 2015,（6）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 31-35
• 分类号: R737.9
• 字数: 2844字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16118/j.1008-0392.2015.06.006

摘要

目的 初步探讨人乳腺癌lncRNAs基因表达谱的筛选.方法 在EBI数据库中的Array Express子数据库选取两组代表乳腺癌基因表达的基因芯片数据,从一组数据下载原始CEL数据文件,运用RMA(RobustMultichip Average)方法对原始CEL文件进行标准化及背景校正.得到乳腺癌与癌旁组织中的探针表达谱矩阵,将其与NetAffx注释文件结合.提取出RefSeq转录本ID和(或)Ensembl基因ID的探针集.对于Refseq ID的探针集,只保留那些NR者(代表非编码RNA).对于Ensembl基因ID的探针集,只保留注释为LncRNA,加工过的转录本或“misc_RNA”.对上述步骤得到的数据进行过滤,得到存在差异表达的lncRNA数量,将这一结果在另一组乳腺癌芯片数据中进行验证.结果 共筛选出表达差异显著且方向一致的18个LncRNA,其中2种LncRNAs表达明显上调,16种LncRNAs表达明显下调.结论 筛选出与乳腺癌相关的差异表达lncRNAs,为进一步研究其在乳腺癌中的作用奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	高勇	同济大学附属东方医院肿瘤科	21	150	7.0	11.0
2	张霞	同济大学附属东方医院肿瘤科	19	126	6.0	10.0
3	董春燕	同济大学附属东方医院肿瘤科	4	16	2.0	4.0
4	宋志旺	同济大学附属东方医院肿瘤科	1	2	1.0	1.0
5	朱蕾蕾	同济大学附属东方医院放疗科	1	2	1.0	1.0