黄芩查耳酮异构酶基因的克隆和生物信息学分析

• 作者: 刘翠晶 杨利民 程林 郭双双 韩梅
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 黄芩愈伤组织 查耳酮异构酶 生物信息学分析 黄芩苷 克隆
• 年，卷（期）: 2015,（10）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 1506-1511
• 分类号: R282.022
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2015.10.019

摘要

目的 从黄芩愈伤组织中克隆查耳酮异构酶(CHI)基因,并对其进行生物信息学分析.方法 从黄芩愈伤组织中提取RNA,反转录为cDNA,设计特异性引物,克隆得到黄芩查耳酮异构酶(sbCHI)基因.通过生物信息学对该基因蛋白的特征进行分析,使用MEGA5.1构建sbCHI与相关物种查耳酮异构酶基因的系统进化树.结果 获得sbCHI基因(GeneBank 登录号KP064512)全长648 bp,含有1个完整的开放阅读框,编码215个氨基酸.为不稳定亲水性蛋白,sbCHI编码蛋白相对分子质量为22 980,等电点(pI)为5.09,不含信号肽,无跨膜区,具有1个查耳酮超级家族的保守结构域.二级结构中α-螺旋(alpha helix)占37.21％、β-延伸(β-extended)占23.25％、无规则卷曲(random coil)占39.54％.同源性分析显示,sbCHI基因与黄芩(ADQ13184.1)核苷酸序列相似性为99.69％、氨基酸序列相似性为99.07％,仅在第31、160位不同.结论 成功从黄芩愈伤组织中克隆得到sbCHI,为进一步鉴定sbCHI基因的功能及黄芩苷的合成生物学研究提供基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨利民	吉林农业大学中药材学院	154	1937	21.0	37.0
2	韩梅	吉林农业大学中药材学院	120	1509	18.0	34.0
3	程林	吉林农业大学中药材学院	8	20	3.0	3.0
4	刘翠晶	吉林农业大学中药材学院	19	146	7.0	11.0
5	郭双双	吉林农业大学中药材学院	8	37	3.0	6.0