基于多位点探针熔解曲线的霍乱弧菌快速分型方法研究

• 作者: 刘赞赞 李庆阁 李莉 温慧欣 黄仕杰 黄建炜
• 来源期刊: 中华预防医学杂志
• 关键词: 弧菌,霍乱 细菌分型技术 聚类分析
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 霍乱
• 页码范围: 122-127
• 页数: 6页
• 字数: 4432字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3720/cma.j.issn.0253-9624.2015.02.005

摘要

目的 研究基于探针熔解曲线分析的多位点熔解分型技术(McMLMT)的霍乱弧菌快速分型方法.方法 选取厦门市CDC于1998-2010年霍乱病原监测中从各种水体和水产品等监测样品中分离的霍乱弧菌分离株(ctx-)作为试验菌株,共108株.筛选霍乱弧菌7个管家基因,针对每个基因设计特异引物和覆盖多态性位点的4条荧光探针,建立各基因的双管双色PCR熔解曲线分析(PCR-MCA)检测体系,检测108株试验菌株,获取28个熔点值(Tm值),转化为等位基因编码并确定型别.同时对7个管家基因的多态性区域序列参照多位点序列分型方法(MLST法)进行分型.两种方法的分型数据以BioNumerics软件进行聚类分析比较,并与其中部分菌株PFGE分型数据比较,评估McMLMT的分辨能力和可靠性.结果 构建并优化了霍乱弧菌McMLMT分型体系.应用McMLMT分型体系检测霍乱弧菌,108株霍乱弧菌的28个Tm值按管家基因分组并依顺序编码后,可分为18型(D =0.723 3);同时参照MLST方法直接以7个基因的多态性区域序列进行分型,分型结果与McMLMT-致;其中46株PFGE型别不同的菌株,McMLMT法可分为13个熔解类型(D=0.614 5),PFGE法可分为A～K的11群(相似度为85％,D=0.858 9).结论 采用McMLMT分型方法可以对批量菌株进行快速分型,分辨力与MLST法相同,与PFGE法在相似度为85％分群的分辨力相似.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李庆阁	厦门大学生命科学学院	40	365	10.0	18.0
2	李莉	厦门市疾病预防控制中心检验科	21	83	6.0	8.0
3	黄仕杰	厦门市疾病预防控制中心检验科	12	52	4.0	7.0
4	温慧欣	厦门市疾病预防控制中心检验科	13	63	5.0	7.0
5	黄建炜	厦门市疾病预防控制中心检验科	33	145	6.0	10.0
6	刘赞赞	厦门大学生命科学学院	3	7	1.0	2.0