单双羔绵羊卵巢组织差异表达microRNAs筛选

• 作者: 何小龙 刘晓芳 刘永斌 张萍 特日格勒 祁云霞 荣威恒 达赖 邢玉梅
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 绵羊 卵巢 miRNAs 芯片
• 年，卷（期）: 2015,（10）
• 所属期刊栏目: 畜牧?兽医?资源昆虫
• 页码范围: 2039-2048
• 页数: 10页
• 语种: 中文

摘要

【目的】全面了解绵羊卵巢组织 miRNAs 表达情况，分析产单羔和产双羔绵羊卵巢 miRNAs 表达差异，从而为探讨miRNAs在繁殖力调控中的作用提供依据。【方法】应用多物种miRNA芯片对绵羊卵巢组织miRNA进行表达分析。首先选择经产单羔羊和双羔羊，发情后采集双侧卵巢提取总RNA，分离小片段 RNA与miRNA芯片杂交，然后进行数据分析获得绵羊卵巢组织miRNAs表达谱；利用生物信息学软件，以q-value ≤5%，且Fold Change ≥2或≤0.5的标准筛选单羔羊和双羔羊卵巢差异表达miRNAs，并利用q-PCR技术验证芯片结果；分别采用microT和miRDB两种方法预测差异表达miRNAs的靶基因，然后合并两种方法结果数据取二者的交集，用在线软件对靶基因进行GO功能注释。【结果】在检测的来自所有物种的miRNAs中，有5448个miRNAs在单羔和双羔羊卵巢组织中共同表达，22个在单羔羊卵巢中特异性表达，15个在双羔羊卵巢中特异性表达；对绵羊中已报道的103个miRNAs，比较其在两组母羊卵巢组织中的表达变化，共获得11个差异表达miRNAs，其中4个上调表达，7个下调表达；随机选择一个上调和一个下调表达的miRNAs进行q-PCR验证，定量结果与芯片结果一致，说明芯片结果准确、可信；预测获得7个miRNAs的靶基因，分别是：oar-miR-370-5p、oar-miR-376b-5p、oar-miR-381-5p、oar-miR-412-5p、oar-miR-541-3p、oar-miR-544-5p和oar-miR-1185-5p，每个miRNA获得的靶基因个数分别为：115、71、1、5、8、135和23个。GO注释结果显示，miR-376b-5p和miR-1185-5p的靶基因主要参与形成细胞内组分和细胞器，在分子功能分类中，绝大部分基因为连接分子类和催化活性分子类，在生物学过程分类中，主要参与细胞增殖、分化、凋亡过程和代谢过程；同时miR-376b-5p的靶基因IGF-1、DAZL、MTOR、MET、NEDD4和miR-376b-5p的靶基因AHR参与生殖过程的调控。【结论】成功构建了绵羊卵巢miRNAs表达谱，获得产单羔母羊和产双羔母羊卵巢组织差异表达miRNAs，这些miRNAs可能与绵羊卵泡发育和产羔数多少有关。