基于转录组平台的蛤仔微卫星标记筛选

• 作者: 张津源 毕成隆 王琳楠 秦艳杰 闫喜武 闫路路
• 来源期刊: 生态学报
• 关键词: 菲律宾蛤仔 转录组 微卫星 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2015,（5）
• 页码范围: 1573-1580
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.5846/stxb201305151071

摘要

以菲律宾蛤仔转录组测序所得拼接序列为基础,采用MISA软件进行微卫星分析,对其中的145个微卫星位点进行引物设计,得到具有清晰扩增条带的微卫星位点58个.对大连庄河野生蛤仔群体的扩增结果表明,18个位点显示单态性,40个位点表现为多态性.该群体40个多态性微卫星位点得到的等位基因数在2-6之间,平均等位基因数为3.4250±0.9718,观测杂合度和期望杂合度分别在0.0000-1.0000和0.0615-0.7996之间,平均值分别为0.2727±0.2272和0.4739±0.1902,群体平均Nei指数为0.4664±0.1872.多态信息含量(PIC)在0.0586-0.7529之间,平均值为0.4148±0.1707,其中16个微卫星位点的PIC值大于0.5,为高度多态性,15个位点0.25＜PIC＜0.5,为中度多态性,其余9个为低度多态性.经Sequential Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验,有10个位点尚未偏离平衡.基于转录组平台筛选微卫星标记的方法,在很大程度上推动了DNA分子标记的开发.研究开发的微卫星标记可用于蛤仔群体遗传学、遗传连锁图谱构建及其他相关研究,为蛤仔分子标记辅助育种及群体种质保护等工作提供技术支持.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	闫喜武		10	27	3.0	5.0
2	张津源		4	7	2.0	2.0
3	闫路路		1	0	0.0	0.0
4	秦艳杰		1	0	0.0	0.0
5	王琳楠		1	0	0.0	0.0
6	毕成隆		1	0	0.0	0.0