海洋宏基因组中新壳聚糖酶的预测与分析

• 作者: 朱丹 程凡升 范蓓
• 来源期刊: 中国食品学报
• 关键词: 宏基因组 壳聚糖酶 海洋 结构域 预测
• 年，卷（期）: 2015,（4）
• 所属期刊栏目: 应用技术
• 页码范围: 45-55
• 语种: 中文
• DOI: 10.16429/j.1009-7848.2015.04.006

摘要

壳聚糖酶是制备低聚壳聚糖的关键酶.本研究对已报道可培养微生物的壳聚糖酶序列特征进行分析,筛选出海洋宏基因组测序数据中的新假定壳聚糖酶.应用结构模建和分子对接的方法探讨假定壳聚糖酶的催化机制.结果表明:1)已报道的214个已知壳聚糖酶主要分布在GH46(201),GH8(7),GH75(3),GH5(2)和GH3(1)家族.氨基酸长度、分子质量和等电点分别集中于200～400 aa,20～40 ku和4.0～7.0;2)从海洋宏基因组测序数据中共获得237个假定壳聚糖酶,分布在GH8(13),GH46(27),GH5(85),GH3 (100),GH18(3),GH25(2),GH10(1),GH30(1),GH35(2),GH42(1),GH77(1),GH16(1)家族.这些新酶序列与已知壳聚糖酶相似度低,其一级结构关键区域保守,结构域、氨基酸长度、分子质量和等电点与已知壳聚糖酶相似;3)应用I-TASSER对来源于4个不同家族的蛋白序列进行结构模建,发现与已知壳聚糖酶的结构相似,用autodock与壳寡糖进行分子对接,从理论上验证了海洋宏基因组新壳聚糖酶的功能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	范蓓	中国农业科学院农产品加工研究所	34	222	9.0	13.0
2	程凡升	青岛农业大学食品科学与工程学院	24	63	5.0	7.0
3	朱丹	青岛农业大学生命科学学院	18	31	4.0	4.0