尼罗罗非鱼生长激素促分泌素受体基因(GHSR)生长相关单核苷酸多态性(SNPs)位点的筛选

• 作者: 刘志刚 卢迈新 可小丽 叶星 曹建萌 朱华平 王春晓 王淼 高风英
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 关键词: 尼罗罗非鱼 生长激素促分泌素受体基因(GSHR) 单核苷酸多态性位点(SNP) 生长性状
• 年，卷（期）: 2015,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 762-771
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2015.06.008

摘要

本研究用直接测序法,以尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)基础群体和快长群体父母本为材料进行生长激素促分泌素受体基因(growth hormone secretagogue receptor,GHSR)单核苷酸多态性(single nucleotide polymophisms,SNPs)位点的筛选;再以两群体的子代为材料,采用snapshot法对筛选到的SNPs进行基因分型,并利用一般线性模型(general linear model,GLM)对基因型与生长性状进行相关性分析.结果表明,从两个尼罗罗非鱼群体的GHSR基因中共获得S1(A-409G)、S2(G-424T)、S3(T-553A)、S4 (T-1114A)和S5(A-1168C)等5个SNPs位点,且均分布于该基因5’侧翼区.SNPs基因型与尼罗罗非鱼子代生长指标关联性分析结果表明,当S4位点为AA或AT基因型时,尼罗罗非鱼个体的体重、体长、体高、头长、尾柄长和尾柄高等生长指标均显著大于S4位点基因型为TT的个体(P＜0.05),快长群体子代中S4位点AT基因型频率最高(55％),而在基础群体子代中TT基因型频率最高(75.94％).5个SNPs位点不同基因型组成了7种双倍型(D1～7),其中D3和D5双倍型个体的体重、体长、体高、头长、尾柄高等生长指标显著高于D4和D7双倍型个体(P＜0.05);而D1(体宽除外)、D2(体宽和尾柄长除外)和D6(体高除外)双倍型个体与其他双倍型个体之间在生长指标上均无显著差异(P＞0.05).快长群体子代和基础群体子代中的优势双倍型分别为D3双倍型(46.25％)和D4双倍型(35.44％).因此,尼罗罗非鱼GHSR基因中S4位点处AA、AT基因型及双倍型D3、D5与快长性状密切相关,可作为尼罗罗非鱼分子标记辅助育种的候选标记.