DNA质量筛选算法研究

• 作者: 康继昌 张曦 徐然 樊晓桠
• 来源期刊: 计算机技术与发展
• 学科: 工学
• 关键词: DNA质量筛选 滑窗算法 碱基有效片段 双侧变值
• 年，卷（期）: 2015,（7）
• 所属期刊栏目: 智能、算法、系统工程
• 页码范围: 41-44
• 页数: 4页
• 分类号: tP301.6
• 字数: 3006字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-629X.2015.07.009

摘要

DNA测序过程中，每个碱基具有一个质量值，其值都会与合格质量有所偏差。为了保证测序的准确性，偏差过大的碱基须淘汰，于是原来100 bp的DNA序列根据淘汰碱基的位置而缩短成若干序列片段了。最后选取其中最长的碱基片段，即DNA质量筛选。传统质量筛选算法虽然思路简单，但合格碱基过于分散。为了解决这一问题，上海生命科学院介绍了“滑窗算法"，能选取出60%以上的碱基片段，大大提高了碱基有效片段的长度。在此基础上，文中提出了“双侧变值滑窗算法"。经测试表明，文中算法能选取出70%以上的碱基片段，进一步提高了碱基片段有效长度和DNA测序的准确性。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	樊晓桠	西北工业大学软件与微电子学院	170	1393	17.0	29.0
2	康继昌	西北工业大学软件与微电子学院	64	272	9.0	13.0
3	张曦	西北工业大学软件与微电子学院	17	27	3.0	4.0
4	徐然	西北工业大学软件与微电子学院	1	0	0.0	0.0