H5N1型禽流感病毒HA基因克隆及序列分析

• 作者: 刘颖 安琦 平文祥 申燕 葛菁萍 高冬妮
• 来源期刊: 中国农学通报
• 学科: 生物学
• 关键词: 禽流感病毒 HA基因 序列分析 蛋白结构预测
• 年，卷（期）: 2015,（14）
• 所属期刊栏目: 畜牧·动物医学·蚕·蜂
• 页码范围: 32-38
• 分类号: Q786
• 语种: 中文

摘要

为从分子生物学角度进一步研究H5N1型禽流感主要抗原HA基因,探究H5N1 HA基因的遗传变异情况及其蛋白结构,根据GenBank中登录的H5N1型禽流感HA基因的序列利用Primer 5.0设计引物扩增HA基因,将其克隆到pMD18-T载体后进行鉴定,对鉴定正确的重组质粒pMD-H5N1-HA进行测序分析.应用生物信息学软件对禽流感病毒HA基因进行系统进化树分析、氨基酸序列同源性分析、保守区分析,磷酸化位点和序列重复区分析及HA蛋白二级、三级结构的预测.核苷酸序列测定结果表明:HA基因长1661 bp,共编码326个氨基酸;生物信息学分析结果表明:HA基因在种间具有较高保守性,HA基因的氨基酸序列与其他地方性禽流感H5N1病毒株HA基因的序列同源性最高可达99.7％,且为高致病性毒株;HA蛋白的二级、三级结构预测结果显示:HA蛋白多为α螺旋和β转角结构,无规则卷曲,是亲水性蛋白.该结果为禽流感病毒的分子病毒学研究奠定了基础.