茯苓转录组SSR序列特征及其基因功能分析

• 作者: 何海 周梦春 王沫 舒少华 郭继云 马毅平
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 茯苓 SSR 转录组 生物信息 功能关联
• 年，卷（期）: 2015,（23）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 3558-3563
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2015.023.019

摘要

目的 分析茯苓转录组中简单重复序列(SSR)信息,以及含SSR的基因功能,为开发茯苓新型分子标记奠定基础.方法 利用MISA软件搜索转录组Unigene及基因组scaffold中SSR,对含SSR的Unigene使用BlastX比对nr及KEGG数据库,注释其功能,并聚类分析.结果 在转录组序列中发现4.57％的Unigene序列含有2 075个SSR,平均17 010条Unigene出现1个SSR,SSR的平均长度19.59bp;而基因组中SSR的平均密度54.00个/Mb,平均长度20.74 bp.在转录组中发现的241种碱基重复模式中,以(CG/CG)n比例最高(10.97％);以六核苷酸类重复数量最多(35.64％),以(ACCACG/CGTGGT)14最长(84bp).在1 887条含SSR的Unigene中,115条能被基因本体(GO)分类注释到细胞代谢进程、核酸结合等;1 223条Unigene能被注释到219个KEGG通路图中,其中314条注释到新陈代谢,297条注释到遗传信息处理.结论 茯苓转录组SSR的类型丰富、多态性潜能较高,关联功能相关基因的SSR开发对茯苓目的性状的分子标记辅助育种具有巨大潜力.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王沫	华中农业大学植物科学技术学院	73	852	17.0	25.0
2	舒少华	华中农业大学植物科学技术学院	16	112	7.0	10.0
3	马毅平		4	28	2.0	4.0
4	何海	华中农业大学植物科学技术学院	5	43	3.0	5.0
5	郭继云	华中农业大学植物科学技术学院	2	26	2.0	2.0
6	周梦春	华中农业大学植物科学技术学院	5	49	4.0	5.0