胡椒EST-SSR标记的开发和应用

• 作者: 伍宝朵 杨建峰 范睿 邬华松 郝朝运
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 胡椒 转录组 EST-SSR 遗传多样性分析
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 作物栽培与营养、遗传育种
• 页码范围: 237-243
• 页数: 7页
• 分类号: S573.9
• 字数: 4286字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2015.02.004

摘要

通过分析NCBI数据库中胡椒转录组数据,共得到unigene 23 524条,其中618条unigene中检测到643个EST-SSR位点,SSR发生频率为2.63％,平均分布距离为12.86 kb.在643个EST-SSR中,二、三核苷酸重复是主要重复类型,分别占27.84％和69.36％,其中(AG/CT)n、(AAG/CTT)n出现频率最高,(NNN/NNN)5类型占EST-SSR位点的42.90％.利用PRIMER3.0设计358对引物,随机合成45对引物,并选用其中11对扩增较好的多态性引物,对43份胡椒种质的遗传多样性进行初步检测,构建聚类分析树状图.结果说明,胡椒EST-SSR标记的开发是可行的,并能够有效的用于胡椒遗传分析研究,具有较高的应用价值.