基于Pthreads的并行DSRC压缩算法设计与实现

• 作者: 张云泉 张鹏 王婷 詹科 郑晶晶
• 来源期刊: 计算机科学
• 学科: 工学
• 关键词: FASTQ 数据压缩 DSRC Pthreads
• 年，卷（期）: 2015,（1）
• 所属期刊栏目: 2013年全国高性能计算学术年会
• 页码范围: 90-91,100
• 页数: 3页
• 分类号: TP317
• 字数: 3144字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11896/j.issn.1002-137X.2015.1.021

摘要

高通量测序仪产生大量的DNA数据,FASTQ是被广泛使用的存储DNA数据的数据格式.对FASTQ格式的数据进行压缩处理,能有效地节省存储空间.DSRC算法具有压缩比高的优点,因此对DSRC算法进行并行能提高压缩FASTQ格式的DNA数据的效率.基于Pthreads,实现了并行DSRC算法.测试结果表明,当使用4线程时加速比达到3.5.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张鹏	中国科学院软件研究所并行软件与计算科学实验室	220	1605	21.0	32.0
2	张云泉	中国科学院计算技术研究所计算机体系结构国家重点实验室	69	542	15.0	21.0
3	王婷	中国科学院软件研究所并行软件与计算科学实验室	67	633	10.0	24.0
7	郑晶晶	中国科学院软件研究所并行软件与计算科学实验室	5	2	1.0	1.0
8	詹科	中国科学院软件研究所并行软件与计算科学实验室	2	4	2.0	2.0