年龄对骨折愈合影响的生物信息学分析

• 作者: 于涛 任东良 李伟锋 李辉 王顺义 胡长清 马伟松
• 来源期刊: 天津医药
• 关键词: 计算生物学 骨折 年龄因素 R编程语言 通路 PPI网络
• 年，卷（期）: 2015,（6）
• 所属期刊栏目: 实验研究
• 页码范围: 616-619,705
• 页数: 5页
• 分类号: Q318.04
• 语种: 中文
• DOI: 10.11958/j.issn.0253-9896.2015.06.010

摘要

目的：探索年龄对骨折愈合速度的影响，并寻找在年龄对骨折愈合速度产生影响的过程中起重要作用的基因和通路。方法利用R编程语言，分别找到在各时间点（未骨折，骨折后3 d、1周、2周、4周和6周）26周龄大鼠和52周龄大鼠相对于6周龄大鼠的差异表达基因，通过比较这12组差异表达基因，找到能够使年龄对骨折愈合产生影响的基因，利用DAVID数据库对这些基因进行功能注释，并通过STRING数据库构建这些基因的PPI网络。结果未骨折、骨折后2周、4周、6周，52周龄大鼠的差异表达基因均多于26周龄大鼠；骨折后6周，26周龄大鼠只有4个差异表达基因，而52周龄大鼠中有99个。这99个差异表达基因主要富集于与骨骼生长、免疫和炎症等相关的生物过程，富集的KEGG通路有2条：ECM-receptor interaction和Arachidonic acid metabolism。Pcna、Casp3和Fn1等在PPI网络中与其他基因联系较密切。结论 Pcna、Casp3和Fn1等基因可能在骨折愈合中起重要作用，其可能通过影响ECM-receptor interaction和Arachidonic acid metabolism等通路来发挥作用。