16S rRNA基因在微生物生态学中的应用

• 作者: 刘驰 安家兴 李家宝 李香真 芮俊鹏
• 来源期刊: 生态学报
• 关键词: 16S rRNA基因 微生物群落 多样性 高通量测序 生物信息数据处理
• 年，卷（期）: 2015,（9）
• 所属期刊栏目: 专论与综述
• 页码范围: 2769-2788
• 页数: 20页
• 语种: 中文
• DOI: 10.5846/stxb201306181726

摘要

16S rRNA(Small subunit ribosomal RNA)基因是对原核微生物进行系统进化分类研究时最常用的分子标志物(Biomarker),广泛应用于微生物生态学研究中.近些年来随着高通量测序技术及数据分析方法等的不断进步,大量基于16SrRNA基因的研究使得微生物生态学得到了快速发展,然而使用16S rRNA基因作为分子标志物时也存在诸多问题,比如水平基因转移、多拷贝的异质性、基因扩增效率的差异、数据分析方法的选择等,这些问题影响了微生物群落组成和多样性分析时的准确性.对当前使用16S rRNA基因分析微生物群落组成和多样性的进展情况做一总结,重点讨论当前存在的主要问题以及各种分析方法的发展,尤其是与高通量测序技术有关的实验和数据处理问题.