基于单核苷酸统计和支持向量机集成的人类基因启动子识别

• 作者: 张莉 徐文轩
• 来源期刊: 计算机应用
• 学科: 工学
• 关键词: CpG岛 DNA刚性 人类启动子识别 KL散度 单核苷酸统计 支持向量机
• 年，卷（期）: 2015,（10）
• 所属期刊栏目: 第十五届中国机器学习会议(CCML2015)论文
• 页码范围: 2808-2812
• 页数: 5页
• 分类号: TP3-05|TP301.6
• 字数: 5093字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11772/j.issn.1001-9081.2015.10.2808

摘要

为高效地判别人类基因启动子,提出了一种基于单核苷酸统计和支持向量机集成的人类基因启动子识别算法.首先通过基因单核苷酸统计,从而将一个基因数据集分为C偏好和G偏好两个子集;然后分别对这两个子集提取DNA刚性特征、词频统计特征和CpG岛特征;最后采用多个支持向量机(SVM)集成的方式来学习这三种特征,并讨论了三种集成方式,包括单层SVM集成、双层SVM集成和级联SVM集成.实验结果表明所提算法能够提高人类基因启动子识别的敏感性和特异性,其中双层SVM集成的敏感性达到79.51％,且级联SVM集成的特异性高达84.58％.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐文轩	苏州大学计算机科学与技术学院系	1	3	1.0	1.0