低氮胁迫灯盏花全植株的转录组文库构建及其测序

• 作者: 严胜柒 应宇翔 张云峰 木佳 李玥 田宝强 赖思晨
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 灯盏花 低氮胁迫 转录组文库 测序 de novo组装 Unigene
• 年，卷（期）: 2015,（21）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 3235-3241
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2015.21.020

摘要

目的 为探寻药用植物灯盏花Erigeron breviscapus的遗传背景,利用低氮胁迫的灯盏花全植株构建了转录组文库,并利用新一代测序技术进行测序.方法 采用改良异硫氰酸胍-CTAB法,提取低氮胁迫灯盏花植株及其对照植株的总RNA,经富集mRNA、打断、构建测序用cDNA文库.结果 通过测序,低氮和正常样本分别获得3 587万条和2 582万条测序读长(raw reads),总数据量超过6G,碱基错误率低于1％ (Q20)的数据分别为98.37％和98.67％.经de novo组装,总共得到101、156条Unigene,平均读长768 bp,N50为1 290bp,其中44.39％长度超过500bp.101、156条Unigene中,58.86％在公共数据库中比对到相似序列,89.08％Unigene在Nr数据库比对到相似序列.得到灯盏花黄酮类合成途径中包括苯丙氨酸解氨酶(PAL)、肉桂酰-4-羟化酶(C4H)、查耳酮合成酶(CHS)、查耳酮异构酶(CHI)、黄烷酮3-羟化酶(F3H)、类黄酮3'-羟化酶(F3H)、花色素还原酶(ANS)等序列.结论 灯盏花的转录组信息得到较好的保存,为下一步灯盏花遗传环境互作研究及分子辅助育种奠定基础.