用分子模拟的方法研究无乳链球菌GlnR因子与DNA的相互作用

• 作者: 倪晗 孙庭广 易弋 李丽满
• 来源期刊: 山东化工
• 学科: 生物学
• 关键词: GlnR因子 动力学模拟 分子对接
• 年，卷（期）: 2015,（11）
• 所属期刊栏目: 计算机与信息化
• 页码范围: 144-148,151
• 页数: 6页
• 分类号: Q71
• 字数: 4573字
• 语种: 中文

摘要

为了研究无乳链球菌的致病机理,将同源建模所得的无乳链球菌GlnR因子三维结构用Gromacs软件进行动力学模拟,优化得到更合理的结构.将已知GlnR蛋白的识别DNA序列与该优化结构进行对接,先用Autodock软件将16组二核苷酸与GlnR因子进行分子对接,得到R27、R47、H70等结合位点,再用3D-DART获得预处理的DNA双链,用Haddock结合实验数据与Autodock对接结果进行半柔性对接,得到DNA与GlnR因子的复合物结构.综上结果发现GlnR因子与DNA的相互作用主要发生在I15、R27、R47、H70这四个残基的周围,这四个位置附近氨基酸的改变会影响它们之间的相互作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	易弋	广西科技大学生物与化学工程学院	39	118	6.0	8.0
2	孙庭广	广西科技大学生物与化学工程学院	6	2	1.0	1.0
3	李丽满	广西科技大学生物与化学工程学院	2	1	1.0	1.0
4	倪晗	广西科技大学生物与化学工程学院	1	1	1.0	1.0