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基因间长非编码RNA:T-UCRs转录活性的验证
基因间长非编码RNA:T-UCRs转录活性的验证
作者:
张靖
彭小忠
朱丽媛
王瑞雨
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
UCR
小鼠大脑发育
T-uc.62
摘要:
目的 选择小鼠大脑皮层胚胎发育阶段转录的一类非编码RNA,即基因间区的T-UCRs作为研究对象,探究小鼠基因组上基因间超保守区域的转录活性.方法 1)利用UCSC数据库(NCBI37/mm9)通过生物信息学预测筛选在小鼠14.5d胎脑中可能表达的基因间UCR;2)Coding Potential Assessment Tool(CPAT)和Coding Potential Caculator(CPC)对筛选结果进行编码能力预测;3)RT-PCR对筛选结果进行验证;4)Real-time PCR分析T-uc.62在不同组织中的表达差异以及在小鼠不同发育阶段脑组织中的表达变化.结果 1)通过UCSC网站上的RNA-seq数据库筛选得到16个可能在小鼠E14.5脑组织中表达的基因间UCRs;2)通过CPAT和CPC分析,16个UCRs均不具有蛋白编码能力,提示可能是非编码RNA;3)经过RT-PCR验证发现有15个是可以表达的;4)以T-uc.62为例,其主要在小鼠发育阶段的脑组织中高表达,而在小鼠的成年组织中低表达甚至不表达.结论 基因间超保守区域可以转录生成长非编码RNA,其中,T-uc.62主要在小鼠发育阶段的脑组织中高表达;其可能在大脑发育过程中发挥重要功能.
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文献信息
篇名
基因间长非编码RNA:T-UCRs转录活性的验证
来源期刊
基础医学与临床
学科
生物学
关键词
UCR
小鼠大脑发育
T-uc.62
年,卷(期)
2015,(5)
所属期刊栏目
研究论文
研究方向
页码范围
632-636
页数
5页
分类号
Q522
字数
2417字
语种
中文
DOI
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
彭小忠
中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室
27
49
4.0
5.0
5
张靖
中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室
10
28
3.0
4.0
6
朱丽媛
中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室
5
5
1.0
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7
王瑞雨
中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室
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研究主题发展历程
节点文献
UCR
小鼠大脑发育
T-uc.62
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
基础医学与临床
主办单位:
北京生理科学会
出版周期:
月刊
ISSN:
1001-6325
CN:
11-2652/R
开本:
大16开
出版地:
北京东单三条5号
邮发代号:
82-358
创刊时间:
1981
语种:
chi
出版文献量(篇)
7613
总下载数(次)
10
总被引数(次)
29500
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:
青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
数理科学
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