Illumina MiSeq测序平台测定蒙古羊瘤胃液相和固相菌群多样性

• 作者: 倪学勤 周毅 曾东 曾燕 祝辉 简平
• 来源期刊: 动物营养学报
• 学科: 农学
• 关键词: Illumina MiSeq 液相 固相 细菌 多样性
• 年，卷（期）: 2015,（10）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 3256-3262
• 页数: 7页
• 分类号: S826
• 字数: 4166字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-267x.2015.10.034

摘要

本研究旨在比较蒙古羊瘤胃液相和固相细菌菌群多样性。应用Illumina Miseq测序平台的16S rRNA基因扩增子技术对采集自5只蒙古羊的瘤胃液相和固相样品进行高通量测序,采用UPARSE-操作分类单元( OTU )法和非加权组平均( UPGMA )法分析试验结果。结果表明,共获得91971条序列和15321个OTU,平均每个样品有13138条序列和2189个OTU。液相与固相样品相比：门水平分类上存在显著性差异的优势菌群为拟杆菌门( Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)(P<0.05),拟杆菌门在液相和固相样品中的比例分别为67%和45%；属水平分类上存在显著性差异的优势菌群为普氏菌属( Prevotella)和1种未鉴定( unknown)的属( P<0.05),液相样品优势菌群为普氏菌属,所占比例为53%,而固相样品优势菌群来自1种未鉴定的属,所占比例为32%；种水平分类上存在显著性差异的是栖瘤胃普雷沃菌( Prevotella ru-minicola)( P<0.05),在液相和固相样品中所占的比例分别为41%和11%。与液相样品相比,固相样品的alpha多样性较好；主成分分析( PCA)和主坐标分析( PCoA)显示来自同一动物个体的瘤胃液相和固相样品聚类在一起。结果提示,蒙古羊瘤胃液相和固相样品均具有丰富的细菌菌群；与液相样品相比,固相样品细菌的多样性更好。