新城疫病毒La Sota株HN基因的克隆与序列分析

• 作者: 刘颖 平文祥 申燕 葛菁萍 金丽颖 高冬妮
• 来源期刊: 中国农学通报
• 学科: 生物学
• 关键词: 新城疫病毒 HN基因 基因克隆 序列分析
• 年，卷（期）: 2015,（14）
• 所属期刊栏目: 生物科学
• 页码范围: 89-95
• 分类号: Q786
• 语种: 中文

摘要

旨在从分子生物学角度进一步研究新城疫病毒La Sota株HN基因,探究NDV La Sota HN基因的遗传变异情况.研究以试验室冻存的pNDV-HN为模版,根据GenBank中登录的NDV La Sota株序列设计引物扩增HN基因,将其克隆到pMD18-T载体后进行鉴定,对鉴定正确的重组质粒pMD-NDV-HN进行测序分析.应用生物信息学软件对新城疫病毒Lasota株HN基因进行系统进化树分析、氨基酸序列同源性分析、糖基化位点、蛋白结构跨膜区分析及磷酸化位点预测分析.核苷酸序列测定结果表明:HN基因的序列长度为1743bp,该基因的开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)总长为1716bp,编码571个氨基酸.生物信息学表明:试验获得的HN基因具有6个潜在糖基化位点及12个半胱氨酸残基,第5个潜在糖基化位点(508-510aa)发生缺失及第123位半胱氨酸残基被色氨酸残基取代.La Sota株HN基因编码的蛋白质中有29个丝氨酸、10个酪氨酸和16个苏氨酸可能成为蛋白激酶磷酸化位点.将试验获得的La Sota株HN基因序列和推导的氨基酸序列与新城疫毒株的HN基因相应序列比较后发现,它们的核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性最高均可达到99％,表明HN基因在种属间具有较高的保守性.研究为新城疫病毒的分子病毒学研究奠定了基础.