梨几丁质酶基因克隆及其生物信息学分析

• 作者: 曾斌 李伟阳 李疆 李秀根 王苏珂 田嘉
• 来源期刊: 中国农学通报
• 学科: 农学
• 关键词: 梨 几丁质酶 Lchi1基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2015,（9）
• 所属期刊栏目: 生物科学
• 页码范围: 184-193
• 分类号: S661.2
• 语种: 中文

摘要

对克隆获得的梨几丁质酶基因Lchi1进行生物信息学分析,从而为该基因的功能鉴定提供理论基础,以期为梨的抗病育种提供基因来源.根据Genbank中已克隆得到的几丁质酶基因保守区,在梨基因组数据库中进行Blast比对,调取DNA序列,从而设计引物,以高抗腐烂病品种‘小香水’(Pyrus ussuriensis cv.Xiaoxiangshui)为研究材料,克隆获得梨几丁质酶Lchi1基因cDNA全长,并对其进行初步的生物信息学分析.梨基因组数据库中调取的DNA序列2535bp,含有3个外显子区、2个内含子区.Lchi1基因全长1300 bp,编码322个氨基酸,其蛋白的分子式为C1607H2407N415O468S17,分子量为35573.3Da,理论等电点为7.10.二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主,三级结构具有高度保守性.Lchi1编码蛋白为可溶性胞外蛋白,存在少量的潜在磷酸化位点,属于糖苷水解酶19家族,含有N-端信号肽,但是缺乏几丁质结合区.Lchi1基因属于CLASSⅡ几丁质酶基因,与其他科属植物的几丁质酶基因相似性均较高.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李秀根	中国农业科学院郑州果树研究所	111	927	17.0	27.0