水稻ARAB-1类似基因的电子克隆及生物信息学分析

• 作者: 刘卫东 李冬波 鲍思元
• 来源期刊: 安徽农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 水稻 脂肪酶 生物信息学 氨基酸序列 OsARAB-1基因
• 年，卷（期）: 2015,（31）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 38-44
• 页数: 7页
• 分类号: S188|Q943.2
• 字数: 7152字
• 语种: 中文

摘要

[目的]对水稻OsARAB-1基因进行电子克隆,并对其进行生物信息学分析.[方法]以NP 174188.1为查询探针,通过电子克隆获得OsARAB-1基因全长cDNA,用生物信息学软件对其核苷酸序列和蛋白质序列进行生物信息学分析.[结果]获得了OsARAB-1基因全长cDNA,基因编码区序列(CDS)全长1 086 bp.电子定位于第五染色体基因组序列NC 008398.2核苷酸序列6 769 813 ～6 773 213 bp区域.OsARAB-1蛋白属于亲水性的胞外蛋白,比较稳定,偏碱性.二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主.具有2个功能结构域:SGNH水解酶型酯酶、GDSL脂肪酶.有21个磷酸化位点、7个糖基化位点.推定的活性位点的氨基酸残基为Ser34、Gly107、Asn167、Asp333、His336.与玉米酯酶亚型B4FM12亲缘关系最近.OsARAB-1基因的表达对水稻的发育和形态发生起重要作用,与水稻抗稻瘟病有关.[结论]该研究为用试验方法克隆该基因和功能鉴定奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李冬波	广西农业科学院园艺研究所	28	151	9.0	10.0
2	鲍思元	湖北科技学院基础医学院	6	16	2.0	3.0
3	刘卫东	湖北科技学院核技术与化学生物学院	1	1	1.0	1.0