高通量测序分析DNA提取引起的对虾肠道菌群结构偏差

• 作者: 何瑶瑶 梁华芳 温崇庆 董俊德 薛明
• 来源期刊: 微生物学报
• 关键词: DNA提取 商品化试剂盒 凡纳滨对虾 肠道菌群 高通量测序
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 130-142
• 语种: 中文
• DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20150164

摘要

[目的]通过高通量测序技术,评价不同DNA试剂盒提取引起的对虾肠道菌群结构偏差,了解健康凡纳滨对虾肠道菌群结构特征.[方法]分别以细菌、粪便和组织DNA试剂盒3次重复提取凡纳滨对虾肠道总DNA(分别编号为SIB,SIS和SIT),检测DNA含量、纯度及其16S rDNA V4区可扩增性,进一步采用Illumina MiSeq高通量测序比较SIB和SIS样品菌群组成和多样性.[结果]细菌试剂盒提取的虾肠总DNA效果最好,粪便试剂盒次之,而组织试剂盒所提DNA含量低且难以被扩增.从SIB和SIS样品分别获得52151±5085和55296±5147条有效序列,同一(46800条)测序深度下,SIS样品OTU (operational taxonomic unit)数量和Shannon多样性指数均显著高于SIB的,而SIB样品间OTU重复性则优于SIS样品间的.从SIB和SIS样品鉴定的优势门一致,均包括变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、浮霉菌门(Planctomycetes)、放线菌门(Actinobacteria)和蓝细菌门(Cyanobacteria),但不同分类水平上绝大多数优势菌群丰度在两种样品间差异明显.[结论]高通量测序分析表明对虾肠道菌群结构因DNA提取方法不同而呈现显著偏差;本研究健康凡纳滨对虾肠道核心菌群主要由发光杆菌属(Photobacterium),乳球菌属(Lactococcus),弧菌属(Vibrio),Aliivibrio和3个分类未定属构成.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	薛明	广东海洋大学水产学院	23	170	9.0	12.0
2	温崇庆	广东海洋大学水产学院	24	179	10.0	13.0
3	梁华芳	广东海洋大学水产学院	39	208	8.0	12.0
4	董俊德	中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室中国科学院南海海洋研究所	11	158	4.0	11.0
5	何瑶瑶	广东海洋大学水产学院	2	35	2.0	2.0