哈茨木霉Th-33全基因组序列测定与分析

• 作者: 孙青 庞莉 李梅 王丽荣 蒋细良
• 来源期刊: 中国生物防治学报
• 学科: 农学
• 关键词: 哈茨木霉 基因组 基因注释 代谢通路 重寄生相关基因
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 205-214
• 分类号: S476
• 语种: 中文
• DOI: 10.16409/j.cnki.2095-039x.2016.02.011

摘要

利用Hiseq2500高通量测序平台对哈茨木霉Th-33全基因组进行序列测定,获得196个scaffolds,共预测了10849个基因,平均长度为1776 bp(GenBank登录号:PRJNA272949).以GO(gene ontology)数据库对预测出的基因做基因注释,共注释基因6238个;以KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes pathway database)数据库对预测出的基因做基因注释,有6789个基因注释到279条KEGG代谢途径.KEGG 富集分析显示,对氨基苯甲酸甲酯降解代谢通路涉及基因最多,有232个基因;其次是双酚降解代谢通路,有206个基因.利用Rfam数据库对基因组序列进行RNA分类预测,共分为25个类别,包含7123个基因,其中涉及基因最多的为转录后修饰、蛋白质翻转和分子伴侣一类.比较了哈茨木霉、深绿木霉、绿木霉以及里氏木霉基因组中重寄生相关的碳水化合物活性酶、蛋白酶及次生代谢相关基因.研究结果有助于深入了解木霉菌的生防机制、推动木霉菌功能基因的挖掘和利用.