硬骨鱼类核糖体基因间隔区的序列特征分析

• 作者: 司李真 孔晓瑜 时伟 杨敏 龚理
• 来源期刊: 热带海洋学报
• 关键词: 硬骨鱼类 ITS1 ITS2 序列长度 序列保守位点比例 系统发育
• 年，卷（期）: 2016,（6）
• 所属期刊栏目: 海洋生物学
• 页码范围: 74-81
• 页数: 8页
• 分类号: P735.541
• 语种: 中文
• DOI: 10.11978/2016012

摘要

真核生物核糖体DNA (ribosomal DNA,简称rDNA)是由几十个甚至上万个高度串联重复序列组成的多基因家族,每个重复单元都包括编码区(18S、5.8S和28S)和非编码区(ITS1和ITS2)。间隔区ITS1和ITS2常被用于属级及以下阶元水平的系统关系研究。然而,越来越多的研究发现,这些串联重复序列并非完全一致,有些甚至存在个体内差异,这种基因组内ITS多态性的发现,使我们对ITS用于物种系统发育重建的适用性产生了质疑。因此,我们对GeneBank中硬骨鱼类的10目ITS序列的长度和保守位点比例进行了统计分析,结果显示： ITS1长度范围为272~918bp,保守位点比例在各分类单元之间具有明显的区别,并且这种区别可以作为判断物种之间关系的特征。当序列之间保守位点比例为89.51%~100%时,为种内关系；在61.53%~81.36%范围时,为种间关系；在32.47%~58.87%范围时,为属间关系；而在1.62%~30.46%时,达到科间水平。而一些物种的保守位点比例超出此范围时,依据此标准判断就会产生偏差。ITS2的长度范围为128~694bp,保守位点比例在各分类阶元之间互相重合,在各分类阶元之间不存在明显的差异,因此该特征不能用于区分各阶元之间的关系。