我国新疆首次检出西伯利亚型蜱传脑炎病毒

• 作者: 刘晓明 刘然 孙响 张桂林 李裕昌 杨银辉 郑重
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 医学
• 关键词: 蜱传脑炎病毒 西伯利亚型 深度测序 小RNA 新疆
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 26-31
• 页数: 6页
• 分类号: R373.3
• 语种: 中文

摘要

对新疆地区蜱传病毒类群进行调查,本研究利用Illumia深度测序技术对新疆全沟硬蜱体内的病毒小RNA分子进行筛查,从提取的蜱小RNA组份中共测得32 631条病毒特异性读序,77条读序与蜱传黄病毒基因组序列匹配,核苷酸数合计约占病毒基因组的3.8％～2.4％,其中32条读序与国内尚未发现的西伯利亚型蜱传脑炎病毒一致.为对上述结果进行确证,利用RT-PCR对此型病毒核酸进行检测,从蜱总RNA中分别扩增获得病毒包膜基因与基因组3 '末端片段,测序比对表明上述片段序列与西伯利亚南部检出病毒高度近似,核苷酸与氨基酸似然率分别为97.2％～95.5％与99.4％～98.3％.综上所述,本研究利用基于深度测序的病毒筛查方法,首次从我国新疆蜱传脑炎疫源地检出西伯利亚型病毒,为下一步针对病毒的分离与流行病学调查提供了重要线索.