紫背天葵高通量转录组测序分析

• 作者: 何炎森 吴松海 张少平 张帅 洪建基 邱珊莲 郑云云 郑加协 郑开斌
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 紫背天葵 转录组 测序 基因分析 功能注释
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: 蔬菜
• 页码范围: 935-946
• 分类号: S567
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0140

摘要

为探讨紫背天葵(Gynura bicolor)花青素等物质合成的遗传基础,采用高通量测序技术(Illumina HiSeq 2500)对其嫩叶进行转录组测序,共获得21387624个序列读取片段(reads),将测序数据进行序列组装后,获得33 314个单基因簇(Unigene),其中超过1 kb的7 792个Unigene中共检测到2 387个SSR位点.对所得Unigene进行不同数据库注释,22048和14417个Unigene分别在Nr和SwissProt数据库有同源比对信息,并发现有29个Unigene与花青素合成相关;Pfam功能注释到13 909个Unigene分为5 198类相关蛋白功能区域,有12个Unigene涉及到花青素合成;GO注释到11 613个Unigene分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类51个功能组,有24个Unigene与花青素合成有关;COG注释到的6 589个Unigene功能系统分为24类,而KOG注释到的13 498个Unigene功能系统分为25类;以KEGG数据库为参考,将4 466个Unigene定位到108个代谢途径分支,其中有47个Unigene与类黄酮生物合成相关.