雷蒙德氏棉PIF-like转座元件鉴定与特征分析

• 作者: 刘静 彭珍 徐珍珍 杜建厂 沈新莲
• 来源期刊: 棉花学报
• 学科: 农学
• 关键词: PIF-like转座元件 雷蒙德氏棉 生物信息学 基因组
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 研究与进展
• 页码范围: 138-143
• 页数: 6页
• 分类号: S562.03
• 字数: 4087字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11963/issn.1002-7807.201602006

摘要

PIF-like转座元件在植物基因组中含量丰富,是植物DNA转座子的重要组成部分.利用基因组学和生物信息学的研究手段,系统研究了雷蒙德氏棉全基因组水平PIF-like转座元件的数量、染色体分布、结构特征、表达模式及相邻基因的种类和功能等,共鉴定了440条包含转座酶且插入位置明确的PTF-like转座元件.这些元件几乎均匀地分布在13条染色体上,上下游2 kb内共有171个相邻编码蛋白的基因,其中132个基因注释到了GO数据库中,且这些基因的功能分布广泛;部分PIF-like转座元件表达,且具有组织特异性.这些遗传信息为深入研究棉花PIF-like转座元件介导的基因和基因组的进化规律以及棉花基因的功能奠定基础.