基于 RNA-seq 数据的差异基因和异构体检测

• 作者: 刘学军 张礼 王黎黎
• 来源期刊: 南京大学学报（自然科学版）
• 学科: 工学
• 关键词: RNA-seq 差异基因 差异异构体 负二项分布 exact test
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 页码范围: 253-260
• 页数: 8页
• 分类号: TP391
• 字数: 4719字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13232/j.cnki.jnju.2016.02.006

摘要

基因和异构体表达水平的差异检测是获取基因和异构体功能的重要途径，目前差异检测已经是转录组研究中一个重要的研究方向.RNA-seq 技术近年来被广泛用于差异基因的检测.为模拟读段的非均匀分布，通常采用负二项分布对读段计数进行建模.现存的负二项分布模型大都是直接对基因读段计数进行建模，不能进行差异异构体检测.提出基于 PGseq 模型计算出的基因和异构体表达水平的负二项分布模型，采用 exact test 方法进行差异分析，解决了异构体的差异检测的问题.经实验验证，该方法在基因和异构体两方面的差异检测中都具有较高的准确度和灵敏度.