烟草野火病菌Pseudomonas syringae pv.tabaci yuexi-1信号肽预测及分析

• 作者: 李晶 杨玉文 王铁霖 赵廷昌
• 来源期刊: 中国烟草学报
• 关键词: Pseudomonas syringae pv.tabaci 信号肽 SignalP 4.0 LipoP 1.0 TMHMM v2.0
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 92-100
• 页数: 9页
• 字数: 3108字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16472/j.chinatobacco.2015.188

摘要

利用SignalP 4.0、LipoP 1.0及TMHMM v2.0对烟草野火病菌Pseudomonas syringae pv.tabaci yuexi-1菌株基因组中信号肽的数量、长度和氨基酸组成进行了预测及分类.结果确定其中432个ORFs (Open reading frame)所编码的N端有信号肽序列,占全部ORFs的8.81％.其中351条分泌型信号肽(SPI),81条脂蛋白型信号肽(SPII).在分泌型信号肽中,信号肽的长度为11～42个氨基酸,以长度为22个氨基酸的信号肽最多.同源性分析结果显示,具有相同信号肽序列的不同蛋白序列之间是高度保守的.该研究提供了野火病原菌致病因子的备选基因,提高该病菌致病因子的筛选效率.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵廷昌	中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室	88	1867	23.0	40.0
2	李晶	中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室	24	285	8.0	16.0
3	杨玉文	中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室	18	151	7.0	12.0
4	王铁霖	中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室	11	76	5.0	8.0