基于茶树芽叶转录组序列的EST-SSR分布特征研究

• 作者: 宛晓春 张正竹 杨华 陈琪 韦朝领
• 来源期刊: 安徽农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 茶树 微卫星 芽叶转录组
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 茶与食品科学
• 页码范围: 170-175
• 分类号: S571.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.13610/j.cnki.1672-352x.20160311.002

摘要

采用生物信息学方法对茶树(Camellia Sinensis)叶部不同发育阶段(单芽/三叶)转录组中的EST-SSR位点信息进行分析,以期为茶树分子标记辅助育种提供有效的参考.利用SSRFINDER软件,对茶树芽叶转录组的高通量测序获得的97454条Unigenes序列(100.91Mb)进行大通量SSR位点的筛选,共获得36249个SSR位点,分布于27913条Unigenes序列中,其发生频率为28.64％,平均分布密度为1/2.78 kb.在茶树芽叶的转录组序列中共发现962种碱基重复基元,其中占主导的是以(AG/CT)n为主(占总SSRs的23.78％)的二核苷酸重复,占到总SSRs的59.19％,其次是三核苷酸和单核苷酸重复,其占比分别为20.92％和13.13％.茶树芽叶转录组所含不同重复基元SSRs的平均长度,相对全器官转录组较短,其中占比最高的是重复长度为18bp的中长重复序列,占到总SSRs的23.37％,而大于25 bp的较长序列重复极少.同时对茶树不同器官转录组测序的SSR分布特性进行了分析比较,以期为后续的分子标记开发提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	宛晓春	安徽农业大学省部共建茶树生物学与资源利用国家重点实验室	162	3012	29.0	46.0
2	张正竹	安徽农业大学省部共建茶树生物学与资源利用国家重点实验室	97	1388	22.0	33.0
3	韦朝领	安徽农业大学省部共建茶树生物学与资源利用国家重点实验室	49	905	15.0	29.0
4	杨华	安徽农业大学省部共建茶树生物学与资源利用国家重点实验室	17	71	5.0	7.0
8	陈琪	安徽农业大学省部共建茶树生物学与资源利用国家重点实验室	17	143	6.0	11.0