蓝靛果忍冬转录组SSR信息分析及其分子标记开发

• 作者: 张庆田 李晓艳 杨义明 艾军 范书田
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 蓝靛果忍冬 SSR 转录组 多态性
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 557-563
• 分类号: S663
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2015-0659

摘要

利用MISA软件筛选蓝靛果忍冬(Lonicera caerulea L.)转录组测序获得的45656条Unigene,共检测出14841个SSR位点,分布于11251条Unigene中,出现频率为32.51％,平均分布距离为2.58kb.优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的34.81％,42.79％和20.64％.二核苷酸重复基元中以AG/CT为优势重复基元,占总位点27.2％,三核苷酸重复基元以AAG/CTT为主,占6.18％.利用Primer 3.0共设计出21867对SSR引物.随机选择20对引物进行PCR扩增,其中8对扩增出清晰可重复的条带,5对在16个蓝靛果忍冬材料中表现出多态性.利用UPGMA作图,将16份供试材料分为3类.丰富的SSR多态性为蓝靛果忍冬遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张庆田	中国农业科学院特产研究所	44	219	7.0	13.0
2	艾军	中国农业科学院特产研究所	100	513	12.0	19.0
3	范书田	中国农业科学院特产研究所	70	360	10.0	17.0
4	李晓艳	中国农业科学院特产研究所	24	130	6.0	11.0
5	杨义明	中国农业科学院特产研究所	61	339	11.0	17.0