刀鲚类Tc1转座子的分子特征及拷贝数变化的意义

• 作者: 刘东 唐文乔 李盈盈 杨金权 郭弘艺
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 刀鲚 转座子 类Tc1 拷贝数 种群
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 页码范围: 156-163
• 分类号: Q785|S965
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20150409849

摘要

为了探讨刀鲚2种不同生活史种群的遗传结构差异以及成因,本研究利用分子克隆及转座子展示技术,从刀鲚基因组中分离、鉴定出一类新的、命名为Cn-Tc1的转座子.该转座子全长1896 bp,为鳀科鱼类第一类被挖掘的Tc1转座子.Cn-Tc1自身包含另一个长度为1040 bp的类Tc1,表明Cn-Tc1在基因组内的转座经历过多次迸发.Cn-Tc1的5'和3'末端反向重复序列长度分别为64和83 bp,转座插入位点具有"TATA"基序.预测的Cn-Tc1转座酶具有与DNA结合的保守结构,提示其仍具有转座潜能.Cn-Tc1插入位点侧翼序列的GC含量呈不均匀分布,均值低于AT含量.运用荧光定量PCR方法,估算了靖江、象山、洞庭湖、鄱阳湖、太湖以及崇明等水域刀鲚种群基因组中Cn-Tc1拷贝数,分别为3.140×103、2.992×103、6.876×103、5.205×103、5.531×103和3.046×103个.单因素方差分析发现,象山、崇明、靖江种群间的拷贝数差异性不显著,而与其他种群的差异性均显著;鄱阳湖、太湖和洞庭湖种群之间差异性亦不显著,但与其他种群均呈显著性差异.研究结果表明,Cn-Tc1促进了遗传结构的改变,为刀鲚种群的适应性进化提供了自然选择的基础.